Интернет-журнал "Домашняя лаборатория", 2007 №7 - Глуховский

метод генетических "отпечатков пальцев". Разновидность метода фингерпринтов <fingerprint method>, используется для анализа распределения микросателлитных ДНК <microsatellite DNA> как популяционно-генетических маркеров с помощью Саузерн-блоттинга <Southern blotting> — набор рестрикционных фрагментов, содержащих микросателлитные последовательности нуклеотидов, обладает индивидуальной специфичностью, что, в частности, позволяет идентифицировать личность человека при установлении отцовства и при решении других задач судебной генетики <forensic genetics>.

DNA gyrase — ДНК-гираза. Фермент, относящийся к семейству ДНК-топоизомераз II <DNA topoisomerase II>, способный вводить отрицательные супервитки в замкнутую кольцевую молекулу ДНК; в оптимальных условиях ДНК-Г. может образовывать около 100 супервитков в мин.; впервые ДНК-Г. описана М.Геллертом с соавт. в 1976.

DNA insertase — ДНК-инсертаза. Фермент эукариот, способный во время репарации ДНК непосредственно присоединять к дезоксирибозе пуриновое основание в соответствии с правилом комплементарности.

DNA lygase — ДНК-лигаза. Фермент, катализирующий образование фосфодиэфирной связи между 3’-гидроксилом и 5'-фосфатом соседних нуклеотидов в одноцепочечном разрыве полинуклеотидной цепи ДНК, участвует в процессах репликации <replication>, репарации <repair> и рекомбинации <recombination>; ДНК-л. впервые была выделена Б.Вейссом и К.Ричардсоном в 1966.

DNA methyltransferases — ДНК-метилтрансферазы. Группа ферментов, осуществляющих метилирование <methylation> оснований в ДНК; у прокариот известно несколько ДНК-м., специфичных в отношении "окружения" метилируемого основания, — например, продукт гена dam метилирует аденин в последовательности ГАТЦ, что позволяет ферментам репаративной системы отличать родительскую цепь ДНК от дочерних (неметилированных); модифицирующие ДНК-м. метилируют основания в сайтах рестрикции, делая их устойчивыми к действию соответствующих рестриктаз <restriction endonucleases>; у эукариот метилирование цитозина в положении С-5 с участием ДНК-м. является механизмом контроля активности генов (как правило, метилированные гены репрессированы, и наоборот); 2'-О-метилтрансфераза осуществляет метилирование кэпа <сар>.

DNA N-glycosidase — ДНК-N-гликозидаза. Фермент, участвующий в эксцизионной репарации <dark repair> ДНК путем распознавания и отщепления аномального основания с разрывом N-гликозидной связи, что приводит к образованию АР-сайта <AP-site>.

DNA phage — ДНК-содержащий фаг. Бактериофаг, геном которого образован ДНК.

DNA polymerase — ДНК-полимераза. Фермент, катализирующий процесс синтеза полинуклеотидной цепи ДНК из отдельных нуклеотидов при использовании другой цепи в качестве матрицы, а также ДНК-затравки со свободной 3'-ОН-группой; у Е. coli ДНК-п. I представлена одним полипептидом, состоящим из 940 аминокислотных остатков, впервые она была выделена А.Корнбергом в 1957; ДНК-п. II (молекулярная масса 120 кД) лучше всего работает на двухцепочечной ДНК с одноцепочечными брешами; ДНК-п. I и II осуществляют репарационный синтез ДНК; ДНК-п. III — мультисубъединичный фермент, состоящий из субъединиц 7 типов с суммарной молекулярной массой около 500 кД, в виде холофермента осуществляет репликацию хромосомной ДНК; все 3 типа ДНК-п. обладают корректирующими экзонуклеазными активностями; ДНК-п. прокариот используется в методе полимеразной цепной реакции <polymerase chain reaction>.

DNA polymerase ### — ДНК-полимераза ###. Дсновной фермент репликации ДНК в ядрах эукариот, состоит из нескольких субъединиц разного размера — суммарная молекулярная масса около 500 кД, ингибируется афидиколином.

DNA polymerase ### — ДНК-полимераза ###. ДНК-полимераза клеток млекопитающих, молекулярная масса около 40 кД, участвует в репарации <repair> ядерной ДНК.

DNA polymerase ### — ДНК-полимераза ###. ДНК-полимераза клеток млекопитающих и растений, участвующая в репликации митохондриального (у растений хлоропластного) генома, состоит из нескольких идентичных субъединиц.

DNA polymerase ### — ДНК-полимераза ###. Фермент клеток млекопитающих, состоит из двух субъединиц с суммарной молекулярной массой около 150 кД, обладает 3’-экзонуклеазной активностью.

DNA primase — ДНК-праймаза. Фермент, осуществляющий синтез РНК-затравки для последующего синтеза фрагментов Оказаки <Okazaki fragments>, а также синтез РНК-затравок в процессе синтеза репликативной формы <replication form> ДНК бактериофагов; у Е. coli кодируется геном dnaG, ее молекулярная масса составляет 60 кД; у эукариот ДНК-п. является субъединицей ДНК-полимеразы ### <DNA polymerase ###>; в отличие от обычных РНК-полимераз ДНК-п. способна использовать в качестве субстрата как рибо-, так и дезоксирибонуклеотиды; образует комплекс с другими ферментами — праймосому <primosome>.

DNA-relaxing enzyme = DNA topoisomerase (см.).

DNA synaptase — ДНК-синаптаза. Фермент, участвующий в процессах рекомбинации (по крайней мере у микроорганизмов), обусловливает (как и белок RecA) соединение между собой двухцепочечных ДНК или двухцепочечных с гомологичными одноцепочечными.

DNA topoisomerases, DNA-relaxing enzymes — ДНК-топоизомеразы, ДНК-релаксирующие ферменты, Группа ферментов, осуществляющих превращение топологических изомеров ДНК друг в друга, контролируют уровень суперскрученности ДНК. По механизму действия ДНК-Т.Т. разделяют на два типа — ДНК-Т.Т. I и ДНК-Т.Т. II (см. DNA topoisomerase I, II и III <DNA gyrase>). Для внесения одноцепочечных разрывов в ДНК все ДНК-Т.Т. используют остаток Туг, который осуществляет нуклеофильную атаку фосфатной группы ДНК с образованием фосфотирозина, что сопровождается ковалентным связыванием фермента с 3'- или 5'-концами ДНК в одноцепочечном разрыве и, в свою очередь, исключает необходимость затраты энергии при восстановлении фосфодиэфирных связей в ДНК на заключительных этапах реакции.

DNA topoisomerases I — ДНК-топоизомеразы I. Группа мономерных ферментов, релаксирующих суперскрученную ДНК без затраты энергии, путем внесения одноцепочечных разрывов. В каждом акте катализа изменяет число зацеплений ДНК на 1. ДНК-Т.Т. I разделяют на два подтипа — IA и IB, которые будучи неродственными ферментами как по первичной <primary structure of protein>, так и по пространственной структуре, выполняют одни и те же функции с использованием разных механизмов. ДНК-Т.Т. IA релаксирует только ДНК, содержащую отрицательные супервитки, работает в присутствии Мд2+ и в одноцепочечном разрыве ковалентно соединяется с 5'-концами ДНК, обнаружена у прокариот и эукариот. ДНК-Т.Т. IB релаксирует ДНК, содержащую как отрицательные, так и положительные супервитки, не требует ионов металлов и взаимодействует с 3'-концами ДНК, обнаружена только у эукариот (исключение — вирус вакцины).

DNA-agar technique — ДНК-агаровый метод. Метод анализа гомологии ДНК разных организмов: денатурированную ДНК одного из сравниваемых организмов иммобилизуют в агаре и гибридизуют с мечеными фрагментами ДНК (тысяча пар оснований) другого организма; количество гибридных молекул ДНК, сохранившихся после отмывания солевым раствором, является мерой гомологии сравниваемых ДНК; метод разработан Э.Боултоном и В.Мак-Карти в 1964.

[DNAase] hypersensitive site — сверхчувствительные [к ДНКазе] сайты. Открытые, не упакованные в нуклеосомы участки ДНК в хроматине, с которых начинается ее расщепление при низких концентрациях ДНКазы, — например, в случае целого генома Drosophila melanogaster при действии низких концентраций ДНКазы образуются фрагменты ДНК размером 2–20 тыс. пар нуклеотидов в соответствии с распределением С.с.

DNAase protection — защита от ДНКазы. Метод выявления участков ДНК, взаимодействующих с белком (например, с РНК-полимеразой в процессе транскрипции) путем разрушения ДНКазой всех не защищенных таким контактом последовательностей ДНК (для сравнения см. <footprinting>).

DNA-dependent RNA synthesis — ДНК-зависимый синтез РНК. Процесс синтеза молекул РНК на матрице ДНК; по сути, ДНК-з.с. РНК = транскрипция < transcription>.

DNA-dependent RNA polymerase — ДНК-зависимая РНК-полимераза. Фермент, осуществляющий ДНК-зависимый синтез РНК <DNA-dependent RNA synthesis>; у прокариот существует 2 типа ДНК-з. РНК-п.: ДНК-праймаза <DNA primase> катализирует синтез