Охотники за микробами. Как антибиотики, санация и дезинфекция ослабляют иммунитет и приводят к развитию новых заболеваний - Мартин Блейзер

5. «…в чреве матери у вас не было бактерий» (см. с. 29): Так считалось очень долго, но сейчас появляются свидетельства, что даже в чреве многих животных присутствуют бактерии (L. J. Funkhouser and S. Bordenstein, «Mom knows best: the universality of maternal microbial transmission,» PLOS Biology 11 [2013]: el001631). Впрочем, эта тема все еще противоречива. Скорее всего, мы точно узнаем, есть ли бактерии в чреве людей или нет, в ближайшие пару лет.

6. «В первые три года» (см. с. 30): В исследовании кишечной микробиоты здоровых людей трех стран – США, Малави и Венесуэлы (в Венесуэле – только индейцев), – Яцуненко и ее коллеги, в том числе моя жена Глория, составили каталог микробов, присутствовавших у людей всех возрастов. В начале жизни у всех трех этнических групп наблюдалось заметное сходство, но чем старше становились люди, тем больше были различия. Возможно, самая важная находка – состав микробиоты младенцев очень отличается от такового у взрослых, но постепенно становится все более похожим на «взрослый»; этот процесс окончательно завершается в три года. (T. Yatsunenko et al., «Human gut microbiome viewed across age and geography,» Nature 486 [2012]: 222-27.) Сначала я удивился, но чем больше раздумывал на эту тему, тем лучше понимал, что так и должно быть: микробном развивается параллельно с развитием ребенка. Это сходилось с моей гипотезой о важности младенческой микробиоты.

7. «…живут разные бактерии» (см. с. 30): Впервые мы провели осмотр кожи молекулярными методами в 2004 году, продемонстрировав невероятное разнообразие, но при этом – симметрию между левой и правой частью. (Z. Gao et al., «Molecular analysis of human forearm superficial skin bacterial biota,» Proceedings of the National Academy of Sciences 104 [2007]: 2927-32.) Затем, воспользовавшись более мощными методами, другие ученые подтвердили и расширили наблюдения, показав малозаметную разницу между левой и правой руками, а также то, что на наших компьютерных клавиатурах остаются микробные сигнатуры наших отпечатков пальцев, то есть можно легко отличить вашу клавиатуру от моей (N. Fierer et al., «Forensic identifi cation using skin bacterial communities,» Proceedings of the National Academy of Sciences 107 [2010]: 6477-81). Кроме того, они показали, что в каждом из трех основных типов кожи – сухой, влажной и маслянистой – живут свои крупные популяции (Е. A. Grice et al., «Topical and temporal diversity of the human skin microbiome,» Science 324 [2009]: 1190-92), и что в большей части нашей кожи, кроме ступней, доминирует одна группа грибков (К. Findley et al., «Topographie diversity of fungal and bacterial communities in human skin,» Nature 498 [2013]: 367-70).

8. «…250 здоровых молодых людей» (см. с. 30): Крупный проект «Микробном человека», спонсированный Национальным институтом здравоохранения, добился невероятного прогресса в фундаментальных знаниях о нашем микробном составе. В важном исследовании здоровых молодых взрослых США (из Хьюстона и Сент-Луиса) были продемонстрированы контуры человеческого микробиома. (С. Huttenhower et al., «Structure, function and diversity of the healthy human microbiome,» Nature 486 [2012]: 207-14.) У этой статьи было чуть ли не столько же авторов (в том числе я), сколько подопытных, но, с другой стороны, это был очень сложный проект национальной «большой науки», который принес большие дивиденды – и будет приносить все новые, когда ученые станут пользоваться богатыми залежами информации, собранной из образцов, взятых с шестнадцати участков тела мужчин и женщин (а также с трех участков влагалища у женщин). Благодаря этому исследованию мы, например, узнали намного больше о популяции у нас во рту: верхняя часть языка, твердого нёба и щеки больше похожи друг на друга, чем на десневую борозду.

9. «…не любят кислород» (см. с. 31): Микробный состав десневой борозды очень обширен; по плотности он не уступает толстой кишке, а разнообразие бактерий огромно. (I. Kroes et al., «Bacterial diversity within the human subgingival crevice,» Proceedings of the National Academy of Sciences 96 [1999]: 14547-52; and ibid.). Именно в этом пространстве между зубами и деснами развивается периодонтит, и мы надеемся, что лучше разобравшись в микробной популяции и ее динамике, мы сможем лучше предотвращать или лечить эту болезнь, часто приводящую к потере зубов.

10. «…даже привлекательность для комаров» (см. с. 31): N. О. Verhulst et al., «Composition of human skin microbiota affects attractiveness to malaria mosquitoes,» PLOS ONE 6 (2011): e28991.

11. «…сообщество из десятков видов» (см. с. 32): Z. Pei et al., «Bacterial biota in the human distal esophagus,» Proceedings of the National Academy of Sciences 101 (2004): 4250-55. До того как мы опубликовали эту статью, никто не думал, что в пищеводе могут постоянно обитать бактерии – считалось, что бактерии проходят там лишь по пути изо рта в желудок.

12. «…между типами кишечных бактерий и их функциями» (см. с. 33): Мы теперь можем с помощью новых вычислительных инструментов построить семейные древа растений и животных; то же самое мы можем сделать и для бактериальных популяций, живущих в разных экологических нишах. Мы можем сравнить состав микробных популяций пресноводных прудов и океанов. (Неудивительно, что они весьма разные.) Когда подобные инструменты применяют для изучения состава кишечных микробов, например в мышах и людях, то мы видим очень заметные параллели (R. Е. Ley et al., «Worlds within worlds: evolution of the vertebrate gut microbiota,» Nature Reviews Microbiology 6 [2008]: 776-88). На более высоких таксономических уровнях, начиная с типа, мы почти одинаковы, но, спускаясь по филогенетической лестнице, разница становится все больше, и наконец на уровне вида мыши уже сильно отличаются от людей. В каком-то смысле эти микробные сходства и различия отражают нашу эволюцию от общего предка к разным видам – Mus musculus и Homo sapiens – а также наше генетическое наследие. Да, даже обитающие в нас микробы снова напоминают нам, что «онтогенез повторяет филогенез», – эту концепцию эволюционной биологии я выучил еще в школе, задолго до того, как начал понимать, что же вообще такое эволюция.

13. «…результат деятельности микробов» (см. с. 33): W. R. Wikoffet al., «Metabolomics analysis reveals large effects of gut microflora on mammalian blood metabolites,» Proceedings of the National Academy of Sciences 106 (2009): 3698-703. Ученые сравнили безмикробных мышей (рожденных в специальных пузырях вообще без каких-либо бактерий) и обычных. Они использовали очень чувствительные химические методы сбора образцов и обнаружения, чтобы исследовать содержание крови двух групп мышей. Из почти 4200 обычных химических соединений в крови безмикробных мышей обнаружились лишь 52, чуть более 1 %; остальные 4000 – продукты бактериального метаболизма. Эти исследования доказали, что большинство химических соединений, из которых состоит кровь мышей (и, соответственно, человека), вырабатываются микробиотой и ее взаимодействием с нашими клетками.

14. «…химическая обработка и усвоение» (см. с. 34): H. J. et al., "Predicting and manipulating cardiac drug inactivation by the human gut bacterium Eggerthellalenta," Science341 (2013): 295-98.